A lo largo de 45 años, el CIESAS ha contribuido al estudio de las lenguas indígenas de México a través de la colaboración de investigadores y alumnos de posgrado. La mayor parte de estos estudios se han realizado por investigadores y titulados en los estados de Oaxaca, Chiapas seguidos de Veracruz y Guerrero.
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Además se han realizado investigaciones de la lengua quechua en Perú; aimara en Bolivia; akateko, pokom, qanjobal, kaqchikel, mam en Guatemala; romanés bolochók en Colombia; mapuche en Chile; tupi Guaraní en Paraguay; Tawahka en Nicaragua y yanomama en Brasil.